人类正面临着世纪之交，同时也是千载之交，在这人类史发生伟大转变的时期，我们满怀着思虑和希望迎接新世纪的曙光。
　　在２１世纪里，人类将进入大调整的历史时期，人类要从根本上改变传统观念，从而改变人类的思维方式、生存方式、生产方式、生活方式；在客观上必然导致必须协调人与自然的关系，从而必须要自觉地协调人与人、国家与国家之间的关系，包括在理智基础上解决各种争端，使消除对抗性冲突成为可能。这样，使人类的命运，包括现代人与后代人的命运联系一起，将现代社会转变为可持续发展的社会，以至为演变到一个和谐发展的、高度文明的全球化新社会奠定基础。在这一国际环境下，使各国更有利于谋求更大的发展，并为人类共同的可持续发展做出应有的贡献。我国提出了“科教兴国”和“可持续发展”战略，以开拓未来可持续发展的新道路，实现中华民族振兴的宏愿，同时也为人类可持续发展做出积极的贡献。
　　在未来社会系统中，科学知识系统将越来越具有显赫的地位，以至起着支配作用。这表明，人类的一切活动越来越基于智慧，特别是高级智慧。中国作为发展中的大国，在现代化进程中所需具有的现代性，既要具有工业社会的特征，同时又具有后工业社会或信息社会的特征；既要兼顾发展，同时又要进行历史大调整。从现在起直到２１世纪中叶，正是中国实现现代化战略目标的关键时期。为此，只有选择适合中国发展模式的超越式的发展战略，才能赢得时间，赶上“全球共转的速度”。
　　要实现超越战略就必须基于高级智慧，而高级智慧又源于科学和教育。因此，现在和未来中国社会比起历史上任何时期更需要科学发展，而中国科学发展战略就是国家进行全局性和长期性的科学发展谋略。它广泛而深刻地影响着其他类型的发展战略，尤其是，它对“科教兴国”和“可持续发展”两大战略起着奠基和先导的作用，进而从深层次上、根本上满足国家利益、社会发展、经济发展和国家安全等多种需求，为创造人类更高级的文明做出自己最大的贡献。
　　　　　　１　战略思想
　　战略思想是确定发展战略的理论基础和指导方针。我们要确立正确的中国科学发展战略，必须基于对科学发展本身的认识所形成的理论、科学发展趋势的认识、正确的科学观，以及国家和人类的最大需求。
　　　　　　（１）从反思中确立科学发展观
　　中国曾出现过灿烂的文化、科学和技术，但近代科学的发源地却不在这个历史悠久的国家，而且，中国现代科学仍然落后。因此，从历史根源、认识根源和社会根源上发现这种迟滞现象，就是我们对中国科学发展史应进行的深深反思：２０００多年以来，中国传统科学基本上是在中国传统文化，特别是儒学文化背景下发展的，而汉代后儒学又主要演变成为历代的官方正统哲学，它贬抑和排斥自然科学等，导致了中国科学缺乏理论思维，缺乏理性自然观这种科学精神的精髓，以至形成了依附于封建社会结构的极端实用型科学体系，不能开拓无限的发展空间，只能以实用为极限。在西欧文艺复兴后，近代科学形成了，同时资本主义经济得到了迅速的发展，而在这世界历史发生重大变革时期，中国仍停滞在封建制的“静态”之中，并自我为中心。特别是在清政府长期实行封建专制统治时期，对外实行闭关锁国，对内大兴文字狱，拒斥外来科学文化，以稳定和巩固小农经济和小手工业为太平盛世，重农抑商等。这就严重地阻碍了中国科学的发展，相形之下中国近代科学就显得十分落后了；２０世纪以来，许多志士在中国翻腾激荡的历史漩涡中，希望在中国这块土地上发展科学，敦请“赛先生和德先生”来华参与救国大业，但十分艰难，这种状况映射到精神文化中，则表现为我们始终对科学缺乏一种全面的认识，包括对科学的性质、概念等不甚了解；新中国建立以来，表现在国家的一些科学意识中又再现了这些痼疾，对科学的性质、价值、社会地位、社会功能、发展规律等仍缺乏正确的认识，科学目标急功近利，科学与技术概念混淆，科学与技术、经济的关系失当，科学发展又受到许多冲击、环境不佳等；８０年代末以来，中国科学整体水平呈下降趋势，缺乏创新，模仿与跟踪型的状态不能摆脱，有创造力的人才大批流失，科研环境还呈恶化趋势等。从中，我们应借鉴沉痛的教训，形成深刻的认识，再产生新的觉醒。只要坚定意志，从头越，再经几代人的努力拼搏，中国科学发展必定能有光明的前景；中华民族必将有能力建立新的更高级的文明，并以自己的强盛和繁荣洗雪过去百余年的耻辱，立足世界民族之林。
　　　　　　（２）确立发展中大国的科学发展观
　　中国是发展中的最大国家，将面临其他国家所遇不到的许多问题。社会变革、发展机遇和严峻挑战并存，由此确定了中国科学要坚持增强、超前和从速发展的思想，即要走在技术发展、经济发展和国防建设等的前面。这样，才能起着源泉的作用和带动的作用；才能从容不迫地为高新技术开浚疆域，独自地开创新的产业，摆脱靠引进、受制于人的局面，成为增强综合国力的后盾；才能培养大批的科学人才，特别是具有高智力、高层次的人才，提高整个中华民族的科学文化素质；保持大国、强国的地位；才能为社会可持续发展带来强大的动力，使人口、资源、能源、环境、食物等问题的解决建立在科学基础上。
　　　　　　（３）按科学发展规律确立科学发展观
　　在科学系统发展中，各门类科学、各层次分支学科将不断地纵横交叉和综合，朝着整体化方向发展，自然科学与社会科学超门类交叉将形成强大的潮流，科学共同体将进一步国际化，科学活动将向全球规模发展。由此，中国科学必须面向世界，面向未来，着意完整的和高水平的发展、进行纵深的长远的布局，形成比较完整的、合理的体系。这样，才能适应科学整体化、综合化的发展趋势和未来科学革命产生的激变，使得学科间相关发展，提高整体发展水平；才能依靠自己具备的高超能力，综合地、自主地解决在经济发展和社会可持续发展中出现的许多重大科学问题；才能广泛地进行国际合作与交流，博采众长，为我所用，同时也为世界科学发展做出重大的贡献；
　　　　　　（４）坚持科学与技术协同发展观
　　现代科学与技术的关系越来越密切，科学技术化与技术科学化将越来越增强，相互作用面将不断地扩大，以至共生一体。因此，科学与技术必然是相互促进，相依、协调发展。在战略上，中国不能走先发展技术后发展科学的道路，也不能重术轻学；反之，也不正确。近现代科技史表明，存在着科学革命中孕育着技术革命这种现象；“今天的科学，明天的技术”也描模了这一情状。从科学与技术未来发展趋势来看，科学仍将起着源头的作用。因此，对于发展中的大国中国来说，在战略思想上则更应重视科学，特别是基础科学的发展，才能从根本上、整体上达到高级智慧水平，才能摆脱以策略代替战略的思想。
　　　　　　（５）坚持科学超越发展观
　　在各种发展战略思想中，超越发展是最佳的战略选择，而且是发展中国家发挥后发优势的一种必然的选择。逆境和强大的挑战，是一个文明走向繁荣的必要条件。因此，要趁事物发展不平衡之机实现超越，既具有可能性，也具有优越性，而大量史实也一再证明了超越的存在性，而中国科学超越发展也存在着可行性。因此，中国科学发展战略思想的核心就在于实现超越发展，要唤起科学界和社会的共识，以致演变为国家的科学意志；充分地发挥科学界的积极性，创立新的方法，探索一条跨越到战略目标的道路，攀登世界科学高峰，中国科学必定能再现辉煌。中国毕竟是历史悠久的大国，具有多种后发优势和综合优势，在２１世纪３０年代，经济总量将达到世界第一，成为一个新兴的世界性大国，从而真正改变全球战略格局；相应地，中国科学发展的综合优势和整体水平将得到发挥，从而变成科学与技术大国，创造新的物质文明和精神文明。
　　为此，要自尊、自信、自强，善于学习超越的方法和理论，并一步一步地付诸实施；要戒除急功近利，立下远大的志向，确立远大而能分阶段实现的战略目标；坚持系统性和创造性思维，建立崭新的认识论和方法论，树立新的科学观，特别是科学哲学观；要勇于和善于提出和解决尚未提出和解决的重大科学问题和难题，乃至以历时长年的韧性埋头开垦概念清晰古怪离奇的难题；勇于标新立异，探索普遍性原理，开创新理论，创立新的学科；坚持以我为主，迎头赶上，迎接智力的挑战，攀登科学的顶峰。
　　　　　　２　战略目标
　　战略目标是全局性、长期性和综合性地要达到的标准或最终实现了的目的。科学发展战略目标要涉及科学发展的连续性和逻辑性，而且要与国家发展目标一致。
　　中国科学发展战略目标是，在半个世纪内，即在２０５０年前，在总体上达到世界先进科学水平，进入世界科学核心，成为世界科学活动中心之一；能独立地增强综合国力和解决社会可持续发展中的重大科学问题，成为“科教兴国”和“可持续发展”战略的先导。这与国家提出“在２１世纪中叶人均ＧＮＰ达到中等发达国家水平”的战略目标是一致的。
　　为达到这一总目标，要经过三个阶段来实现：
　　第一阶段，即在２０１０年前，要独立发展主要学科，在一系列理论、学科、分支学科和交叉学科上达到世界先进水平，总体水平在发展中国家中名列前茅；并能基本上独立地解决社会和经济发展中的重大科学问题。
　　第二阶段，在２０３０年前，即在中国建立现代科学体制１００周年之际，中国科学发展在总体上达到当时中等发达国家的科学水平，一系列主要学科达到世界先进水平，并在数学科学和生命科学等领域取得突破性的成就；以及出现一　批诺贝尔奖水平的科学成就；并能独立地解决社会发展和经济发展中的重大科学问题。
　　第三阶段，在２０５０年前，即在中华人民共和国成立１００周年之际，中国科学发展要达到当时世界发达国家的科学水平，进入世界科学的核心，成为世界科学活动中心之一。这主要表现为，中国涌现出较多世界第一流的科学家，包括拥有较多的世界杰出的科学家和诺贝尔奖得主，拥有较多的世界先进水平的科学研究机构，涌现出较多的科学发现，在较多的理论、学科上能处于世界领先地位，能成为制订世界大型科学计划的主要国家，较多地在中国举行国际学术会议，较多的中国科学家成为各类国际科学组织机构的主要领导成员；并能独立地解决社会可持续发展和经济发展中的重大科学问题，满足多种需求，同时也能为解决全球性的重大问题，如地球环境、能源、资源、食物、生活质量、疾病等，为人类可持续发展作出重大的贡献，为创造高级的人类文明做出最大的贡献。
　　　　　　３　战略重点
　　在科学发展中，具有决定性意义的部分构成战略重点，并由战略思想和目标来选定。在达到不同阶段战略目标过程中，要适时地进行战略重点的转移和调整。
　　在２１世纪初，即在２０３０年代之前，中国科学发展的战略重点是，要大力地发展基础科学、前沿科学、交叉科学、综合科学和横断科学，具有重大应用前景的应用科学，以及对中国具有独特意义的科学：数学科学、生命科学、物理科学（Physical Science，或称理化科学，含物理、化学、力学等）、认知科学、空间科学、天文学、地球科学、系统科学、信息科学、材料科学、能源科学、环境科学、农学、医学（含中西医统一的医学等）以及新型的综合科学、超门类的交叉科学等，其他类科学有适当的发展，基本上形成比较完整的协同发展的科学布局。在２０３０年代之后，对战略重点再进行重新的调整。
　　　　　　４　战略措施
　　为贯彻战略思想和实现战略目标，必须采取具体的办法和对策，即采取强有力的战略措施或战略“接口”，才能给出战略导入的可行途径。
　　（１）按科学发展趋势建立先进的体制，包括建立和强化国家统一的领导和协调机构，确定国家科研机构、高等院校、各部和各省科研机构的分工与合作关系；在中国（如北京、上海和香港等地）建立若干国际科学研究机构，并广泛地进行国际合作与交流，使中国科学面向世界，进一步国际化。改革国家自然科学基金委员会，使之扩大为国家科学（含自然科学、社会科学、哲学等构成的科学整体）基金委员会。
　　（２）按照科学发展规律建立合理的机制，包括宏观调控机制、微观管理机制、各类评价机制、各类激励机制等，使人力、物力和财力优化配置，发挥最大的作用。
　　（３）培养大批科研人才，特别是造就更多杰出科研人才，尤其是最有效地吸引优秀人才，采取国内和留学国外人才一视同仁的合理的激励机制，充分地发挥科技人员的积极性。
　　（４）在ＧＮＰ中增大Ｒ＆Ｄ所占的比例，即在２０１０、２０２０、２０３０年分别达到２％、２．５％、３％；在Ｒ＆Ｄ中增加Ｒ所占的比例，即分别达到３０％、３５％、４０％；在Ｒ中增加基础研究的比例，即分别达到１０％、１５％、２０％，并使之尽快地达到发达国家的平均水平。
　　（５）努力创造宜于科学生长和发展的优化环境，包括学术环境、社会环境和政策环境。为此，在学术上必须保障自由探索，不应采取行政手段干预科学本性所要求的学术自由；在科学自主发展与社会需求之间保持必要的张力。