朱家骅卸任浙江省主席后，先赴武汉，后去重庆，在戴季陶的帮助很快在国民党中枢占据一席之地。他先被任命为国民政府军事委员会参事主任，其间，蒋介石曾嘱托他组织一个智囊团，被朱家骅婉拒。

随后，1938年3月，朱家骅改任国民党中央执行委员会秘书长，兼党委员会主任委员，并按中常委决定，再兼中央调查统计局局长。7月成立青团，朱家骅又被任命为干事会常务干事，不久兼代中央团部书记长并主中央训练团党政训练班三期。

1939年12月，朱家骅转任国民党中央组织部长，主管国民党党务。

朱家骅以学者身份办党，给国民党注入了新鲜血液，形成了一些新气。对于朱家骅办党这段经历，他的老部下甘家馨后来曾评价称“我们这个党，从民国二十五年开始变了质，变成了些派系，乃至变种官僚气习，所以到抗战开始以后，党的风气更是不振作。朱先生到了以后，就带来一些新观念和新作风。

“第一，他认为党不是一个孤立的集团，而是一个社会团体，所以对对内都不可以狭隘，应该采取开明的作风。

其次，他认为党不断要有新血输，才能造成党的新生命。

第三，他认为党要社会化，最要紧的是要能和教育界文化界沟通，为中国的社会结构，仍然是士人社会，而不是资本主义社会工业社会，党与教育文化界脱节的话，党将完全没有群众基础。所以，他极力地设法要党开门，让教育界的人进来，使大学开门，让我们的党进去。

事实正是如此，朱家骅出任组织部长后，认为国民党在知识分子方面础不够雄厚，决心把党务打进学校等知识分子集中的地方，于是在各大学立国民党党部，先后发展了一批大学教授和学术界人士入党。

蔡元培逝世后，朱家骅接任中央研究院院长，把整个北大系势力全部包过来，所以国民党认为，朱家骅任组织部长时期是“学人报国的最盛时代”。

另一方面，朱家骅以举办训练班的办法，网罗人才，仅1942年朱家就举办了三期党务讲习班，八期战地党务干部训练班，还选调各大学高年女生举办“女子夏令讲习所”，从中发现人才，培养骨干。

朱家骅还将从战区逃出来的青年，按文化程度分配到中学、大学。原的大学生不仅可以继续入大学读书，朱家骅还为他们在机关里留有名额，以领着薪水去读书，如此便吸引了众多人才。

当有同僚向朱家骅举荐人才时，朱家骅总是秉公办事，派人对被举荐进行调查了解，如确实为可用之才，必定派用。他还指示部下道“党的工作人员，除了要重视他的历史以外，更要提高他们的学术水准。

朱家骅通过各种途径，为国民党输送新鲜血液，尤其是知识分子，使对国民党信心倍增，同时朱家骅个人势力也得到扩展。