大学作为社会的精神文化中心，它的使命就是传播人类先进的文明，传播人类的道义理想。自19世纪威廉?洪堡创立柏林大学，奠定学术自由、教学自由、学习自由的原则，它已经成为全世界大学的基本价值和基本准则。1792年洪堡提出国家无权插手教育，新型的大学应该是塑造完善的个人，致力于真正的学术。教授和学生都应该成为真理的追求者。学术自由与教育独立是达到这一目标的必须途径。蔡元培先生长期在德国学习、研究，深受洪堡的影响。他曾说过，德国近代的发展是基于成功的高等教育培养了一大批小学教师，造成了一代优秀的公民。 作为教育家，他的兴趣偏于高等教育。1917年他在给汪精卫的信中说：“吾人苟切实从教育着手，未尝不可使吾国转危为安，而在国外所经营的教育，又似不及在国内之切实。……而德意志统一之盛业（普之胜法，群归功于小学教员；然所以有此等小学教员者，高等教育之功也），亦发端于此。”

民国元年，蔡元培出任首届教育总长，邀请另一个教育家范濂源为次长，范说“小学没有办好，怎么能有好中学？中学没有办好，怎么能有好大学？所以我们第一步，当先把小学整顿。”蔡说“没有好大学，中学师资哪里来？没有好中学，小学师资哪里来？所以我们第一步，当先把大学整顿。”后来他自述“把两个人的意见合起来，就是自小学以至大学，没有一方面不整顿。 不过他的兴趣偏于普通教育，就在普通教育上多参加一点意见。我之兴趣，偏于高等教育，就在高等教育上多参加一点意见罢了。”（转引周元度《蔡元培传》）

蔡元培做教育总长期间，他的教育理想并没有得以实践的机会，不久他就再度到欧洲学习、考察去了。直到 1917年他正式出任北京大学校长，才一举奠定学术自由、思想自由、教学自由的原则，开创了中国现代高等教育的新局面。

1916年，袁世凯脱下皇袍，在一片唾骂声中死去。光复会老会员、国会议员陈黻宸、北大教授马叙伦等向教育部推荐蔡元培出任北大校长。他还在犹豫，不少老同盟会员也有不同意见，有人坚决反对（如马君武），认为北大太腐败了。孙中山认为，北方需要传播革命思想，象蔡元培这样的老同志，应当去帝王思想和官僚习气笼罩下的北京，主持带有全国性的教育，主张他去。所以国民党说他是“隐伏在北方的文化教育界的极其重要的革命棋子”，这些说法未免把蔡元培出长北大的动机狭隘化了，其实从蔡元培的思想境界看，从他以后在北大的作为看，蔡元培的目光要远比这宏大得多，早已不是“传播革命思想”这样简单化的政治目标可以涵盖的。所以才掀起了山鸣海啸般的新文化运动的浪潮，引发了影响深远的五四运动。

当年北洋军阀的手伸得还不是太长，他们还懂得有所敬畏，并不是直接插足他们所不熟悉的教育文化领域，教育基本上还是教育家们的事。 他们不可能不知道蔡元培的信仰，但他们选择的只是一个有经验、有学问的蔡元培，让他来办大学，和他的政治态度没有太大的关系。

众所周知蔡元培的办学方针是“兼容并包”、“思想自由”八个字，一方面他聘请了陈独秀、胡适、李大钊、钱玄同、刘半农、周作人、沈伊默等一批新文化运动的健将，一方面北大教师中又包括了一些学术上有造诣但政治上保守（甚至主张君主制）的学者，如辜鸿铭、刘师培、黄侃等等。他认为大学就是“囊括大典、网罗众家”，“此大学之所以为大也”。应该广揽人才，容纳各种学术、思想，让其自由发展。他聘用辜、刘等是因为他们的学问可为人师，是尊重讲学自由和一切学术讨论的自由。筹安会发起人刘师培在北大讲《三礼》、《尚书》、训诂，从没宣讲一句帝制；辜鸿铭拖着长辫教英诗，也从未利用讲台讲复辟帝制。他曾对攻击刘、辜的学生说"我希望你们学辜先生的英文和刘先生的国学，并不要你们也去拥护复辟或君主立宪。"在中国这个自古以来习惯专制、好同恶异的社会里，蔡先生这种容纳异己的民主作风，尊重学术思想自由的卓见开创了一代新风。他的北大是兼容并包的北大，各种思想、各种声音都可以并存，是一个多元、开放、宽容、民主的大学， 超越了单纯的党派观念和“革命棋子” 的狭隘性，不仅造就了傅斯年、罗家伦，也培养了高君宇、张国焘等人。正是在这一意义上，蔡元培先生重塑了北大，也重塑了20世纪中国知识分子的精神世界。

在他眼里，“大学是包容各种学问的机关”。所以他用人不分信仰、党派、学术见解，他主持下的北大因此能超越当时的军阀政权之外、各种社会势力之外。他有大胸襟、大气魄，是大手笔，前无古人，后尚无来者。如果把北大看作中国民主的摇篮，蔡先生则是中国民主的奠基者，他一生最为伟大的功绩正是给北大这一民主摇篮奠定了坚实的基础。这一点五四运动以来20世纪的编年史已经可以作出充分的证明。

他鼓励学术研究，提倡社团活动，其中新潮社、国民社等在五四运动中起过重要作用的学生社团都产生于1918年下半年，得到了他这位校长的支持。为培养学术自由精神和自治能力，他批准每月由北大的经费中拨出二千元来给傅斯年、罗家伦他们的新潮社办《新潮》杂志（当时北大每月的全部经费不过四万元），并由学校负责印刷发行。

在大学领导体制上他第一次实行民主办校、教授治校。设立评议会作为全校最高立法机构。评议员包括各科学长、主任教员、各科本预科教授各二人，由教授互选，任期一年，期满得再被选。组织各学科（系）教授会，规划各学科的教学工作。各教授会设主任一人，由教授互选，任期二年，并由各科教授主任组成全校统一的教务处，负责主持全校的教学工作。教务长由各教授会主任推选，任期一年。

蔡元培领导的北大不仅为现代中国大学教育树立了一个崭新的楷模，也促进了思想界、知识界的转变。在他的大力支持下，在陈独秀、胡适等的热情倡导下，青年学生掀起了追求民主、科学的浪潮，终于使北大成为五四新文化运动的中心。所以有人说蔡元培对北大的改造和陈独秀办《新青年》对五四运动具有同样重大的意义。傅斯年1943年说过一番话：“犹忆‘五四’以后有人说，北洋政府请蔡先生到他的首都去办学，无异猪八戒肚子中吞了一个孙悟空。‘五四’之后，南至广州，北至北平，显然露出一种新动向，……激动了青年的内心，没落了北洋的气焰，动荡了社会上死的寂静”。由蔡元培创造的思想自由、民主精神已经成为北大绵延不绝的传统。