1922年蔡元培发表《教育独立议》《非宗教运动》，阐述了他的关于教育独立的主张。

他认为教育是一种发展个性、培养人才的工作，它有其自己的规律，必须经过长期的积累才能见成效。而当时他看到连年军阀战争，政权极不稳定，从他任第一届教育部长到1916年，随着执政者的更迭，教育部长就换了十几个，并且有人根本不懂教育。他对此十分反感，认为教育权若总掌握在政党之中，变来变去，是无法成效的。另一方面他见到随着帝国主主文化教育侵略，教会学校极力用宗教诱惑未成年的学生，去信仰他们的基督教，他认为这是侵犯人权的行为。因此，他提出教育独立的主张，他说：教育是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完成他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任；不是把被教育的人，造成一种特别器具给抱有他种目的的人去应用的。所以，教育事业当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响。

实施教育独立的办法，他曾提出从教育行政管理上，把全国分成若干大学区，每区设一中心大学，管理区内各种学校及教育事宜，政府不得干涉学区工作。在每一大学区内，由教授组成教育委员会主持学校工作。此外，在学校不得设神学科，不许传教士任教，凡以传教为业的人，不能参与教育事业。

蔡元培关于教育脱离政治、脱离政党的主张，是一种历史唯心主义的观点，但反映了他反对军阀分子控制教育，希望按照教育规律办好教育事业的美好愿望；教育脱离宗教的主张更含有反对帝国主义文侵略的革命意义。